“このアプリケーションで開く”に重複して登録されている項目を綺麗にする『CleanOpenWith』
アプリケーションフォルダ以外にアプリケーションを配置していたりするとなる現象なのですが、ファイルを右クリックで表示される「このアプリケーションで開く」に登録されている項目が重複して登録されることがあります。

My Mac & I: Duplicate application in “Open With" on OS X Lion
重複した状態を再現できなかったので上記スクリーンショットは作者様のブログからお借りしました。
このようにアプリ名が重複して登録されている状態を起動するだけで解消するがCleanOpenWithです。
起動すると各種OSに合ったターミナルコマンドが実行され少し待つとFinderが再起動され重複解消されます。